ごく稀なタイミングでご報告の症状が発生することがあるようです。

潜水艦が地上に出てしまった場合や、キャンセルキーで潜水艦から降り、再度潜水艦に入ってしまった場合は、直前のセーブデータから、再度プレイしてください。

再プレイ時は、海チョコボと潜水艦は隣り合って配置しないようにしてください。