ニンテンドー3DS本体の「ソフトとデータの引っ越し」を使って引っ越しを行なう必要があります。

「ソフトとデータの引っ越し」についての詳細は、任天堂のホームページでご確認ください。
http://www.nintendo.co.jp/3ds/support/transfer/index.html