ニンテンドー3DS版とコンソール版（PlayStation 3/Wii/WiiU）では、ストーリーやゲームの進め方、スターターパック付属のフィギュアなど、さまざまな違いがあります。

[ストーリー]
・Wii版/Wii U版/PlayStation 3版
　破壊された光のコアを修復し、宿敵カオスの手からスカイランドを救いだすことが目的です。
・ニンテンドー3DS版
　神秘の探究者たちを助け出して、侵略者ヘクトールの手からオーラ諸島を救いだすことが目的です。

[ゲームの進め方]
・Wii版/Wii U版/PlayStation 3版
　各チャプターの物語にそってステージを攻略していきます。
・ニンテンドー3DS版
　各ステージで様々なチャレンジをクリアしてオーラクリスタルを集めることが目的です。
　オーラクリスタルをたくさん集めると次のゲートが開いて、新たなステージに挑戦できるようになります。

[フィギュアの読み込み]
・Wii版/Wii U版/PlayStation 3版
　パワーポータルにのせているフィギュアがリアルタイムでゲーム内に現れます。
　フィギュアをのせ換えることで好きな時に操作キャラクターを交代できます。
・ニンテンドー3DS版
　フィギュアの読み込みはゲーム内の特定の場所で行います。
　プレイヤーは一度に2体のスカイランダーを冒険に連れていくことができ、タッチスクリーンをタップして操作するキャラクターを交代します。

[アップグレード]
　Wii版/Wii U版/PlayStation 3版とニンテンドー3DS版では、各スカイランダーが習得・使用できるスキルアップグレードが異なります。
　※フィギュアにはWii版/Wii U版/PlayStation 3版とニンテンドー3DS版の両方のアップグレードが保存されます。

[プレイ人数]
・Wii版/Wii U版/PlayStation 3版
　プレイ人数：1～2人
　パワーポータルにフィギュアを2つのせることで、2人のプレイヤーで協力してストーリーを進めたり、スカイランダー同士を対戦させたりすることができます。
・ニンテンドー3DS版
　プレイ人数：1人
　※協力・対戦モードはありません。

[スターターパックに付属のフィギュア]
・Wii版/Wii U版/PlayStation 3版
　スパイロ、トリガーハッピー、ギルグラント
・ニンテンドー3DS版
　ダークスパイロ、イグナイター、ステルスエルフ

[スターターパックに付属のパワーポータル]
・Wii版/Wii U版/PlayStation 3版
　有線パワーポータル
・ニンテンドー3DS版
　無線パワーポータル
　※動作には単4電池×3本（別売り）が必要です。