エージェントミッションを発生させるには、一定のカオスポイントをためる必要があります。
「カオスポイント」は以下の方法で入手できます。

・エージェントミッションや勢力ミッションをクリアする。
・政府施設（電源施設やレーダー基地など）を破壊する。
・要人（特定の場所にいる名前が表示された人物）を倒す。
・拠点（集落）を占拠する。

また、メイン画面で「SELECTボタン」を押すと「PDA画面」になります。
PDA画面では、これまでにためたカオスの合計が表示されます。
カオスを獲得するたびに4本のゲージが増えていき、満タンになると新しいミッションなどが出現しますのでご確認ください。