ストーリー（スカイランドアドベンチャー）の進行状況は各ハードのセーブデータとして保存されますが、スカイランダーのレベル、覚えたアップグレード、手に入れたゴールドなどはフィギュアに保存されます。

なお、本作はオートセーブする仕組みになっていて、セーブポイントのような物はありません。